1987年7月1日，撤销诸城县，以原诸城县的行政区域设立诸城市，属山东省政丨府管辖，由潍坊市代管。全市辖13个镇、22个乡，1340个村民委员会。建市以来至2007年底诸城所辖行政区域无变更，内部区划经过多次调整，乡镇数量整体呈缩减趋势。
1989年 4月10日，撤销范家官庄乡，将其行政区域并入孟疃镇；撤销曹家泊乡，将其行政区域并入相州镇；撤销芝灵乡，将其行政区域并入昌城镇；撤销大仁和乡，将其行政区域并入百尺河镇；撤销大屯乡，将其行政区域并入林家村镇；撤销朱家村乡，将其行政区域并入皇华镇；撤销楼子乡、程戈庄乡，以该两乡的行政区域设立程戈庄镇；撤销寿塔乡、郝戈庄乡，以该两乡的行政区域设立郝戈庄镇。
1994年9月20日，撤销吕标乡，设立吕标镇，其行政区域和人民政丨府驻地不变；撤销凉台乡，设立郭家屯镇，以原凉台乡的行政区域和相州镇的丁家沙窝、南营、封家岭、秦家河崖、马家埠、韩富庄、业家屯、前宋岗、后宋岗、赵家寨、兴和11个村为郭家屯镇的行政区域，镇人民政丨府驻郭家屯。
1996年3月11日，将解留镇政丨府驻地迁至九台村并更名为九台镇 （鲁政函民字〔1996〕15号）；撤销箭口乡、朱解乡、万家庄乡，设立箭口镇、朱解镇、万家庄镇，其行政区域、人民政丨府驻地不变（鲁政函民字〔1996〕16号）。
12月29日， 撤销马庄乡，设立马庄镇，其行政区域和人民政丨府驻地不变（鲁政函民字〔1996〕65号）。
2001年2月，撤销山东头乡，其行政区域并入桃林乡；撤销石河头乡，其行政区域并入桃园乡；撤销石门乡，其行政区域并入瓦店镇；撤销万家庄镇、箭口镇，其行政区域整建制合并组成舜王街道办事处；撤销吴家楼乡，将原吴家楼乡的吴家楼、王家河湾、田家岳旺、吴家沟、郑家庄子、北曹家庄、东魏家庄、西魏家庄、小张家庄、小吴家庄、马五沟、小里户、王家清河、刘家清河、西涝洼、涝洼官庄、石门官庄、张家清河、闫家清河、姑子庄、大张家庄子、西莳家庄子、祝家楼、褚戈庄、张祝河湾、常吉疃、辛疃、双泉官庄、祝家店子、潘家庄、黄家洼、枳房、岳旺店子、张家岳旺34个村划归石桥子镇；将原吴家楼乡的后家疃、前疃、龙石头河、荆山后、黄吉埠、黄家庙子、南曹家庄子等7个村划归程戈庄镇；将原吴家楼乡小程家庄子村划归马庄镇； 撤销城关镇，将原城关镇兴华居委会、建国居委会、繁荣居委会、繁华居委会、大华村、利群村、基建村、鞠家村、古城子村、陶家岭村、新农村、瓦屋庄村、王家铁沟村、丁陈铁沟村、新华村、连丰村、北三里庄村、白玉山子村、五里堡村、大书堂村、东下泊村、西下泊村、龙王庙子村、岳家铁沟村、捎门村、铁水村、臧家庄子村、十里堡一村、十里堡二村、十里堡三村、十里堡四村、八里庄村、于王庄村、北石桥村、前黄疃村、中黄疃村、后黄疃村、东黄疃村、南黄疃村、东冯村、东十里堡村、南王家庄村、大洼子村、小洼子村、范家岭村、求佳邻村、杨家岭村、大高乐埠村、臧家铁沟村、罗家铁沟村、陈家林村、安家铁沟村、小王门村、小高乐埠村、普乐村、普桥村、丁家花园村、候家庄子村、西徐村、东徐村、魏家花园村、朱扶河村、黄家尧村、陈家花园村、良旺崖村等65个村、居委会的管辖范围，设立密州街道办事处；将原城关镇的岔道口村、店子园村、范家庄子村、西冯村、辛庄子村、邱家庄子村、曹家庄子村、刘家庄村、杨家庄子村、兰家村、安家崖头村、辛家尧村、吴家尧村、台家村、两河村、西土墙村、东土墙村、李家庄子村、大郝家村、小郝家村、丁家庄子村、小庄子村、王家屯村、许家庄村、韩戈庄村、孔戈庄一村、孔戈庄二村、孔戈庄三村、横沟子村、南三里庄村、沙戈庄村、大栗园村、小栗园村、下黑龙沟村、西十里堡村、陈家庄村、大水泊村、小水泊村等38个村委会的管辖范围设立龙都街道办事处。
2007年2月撤销朱解镇、吕标镇、九台镇，其辖区分别并入密州街道办事处、龙都街道办事处、舜王街道办事处。全市有15个镇、2个乡、3个街道。村委会1257个，社区居委会89个。
2007年5月，撤销郭家屯镇、郝戈庄镇，其辖区分别并入相州镇、皇华镇。全市共有13个镇、2个乡、3个街道，1257个村委会、89个社区居委会。
2007年 8月，撤销马庄镇、孟疃镇，其辖区并入贾悦镇；撤销桃园乡、瓦店镇，其辖区并入林家村镇；撤销程戈庄镇，将其辖区分为二，将北部的龙石头河、荆山后、黄吉埠、后家疃、黄家庙子、荆山前、西丨臧家庄、前疃、南曹家庄子、徐家洼、潘家岭、冯家屯、仇家洼、西郭家庄、西楼子、东楼子、后岳戈庄、前岳戈庄、王家洼、任家庄子、西张家庄、范家岭、友谊村、刘家官庄、后浩仉、前浩仉、娄家庄等27个村划归石桥子镇管辖，南部西小庄子、程戈庄一村、程戈庄二村、程戈庄三村、程戈庄四村、张家屯、夏家官庄、仲家庄、崔家营、西涝戈庄、东涝戈庄、仇家庄、苗戈庄、宋戈庄、小焦家庄、大焦家庄、周庄子、后卜落林子、前卜落林子、毛家庄、呈子泊、方家庄、草营子、双湾子、魏家岭、马厂沟等26个村划归舜王街道办事处管辖。调整后全市共有9个镇、1个乡、3个街道办事处。
2007年10月，潍坊市成立峡山水库生态管理区，将相州镇北部8个村划归峡山水库管理局管辖，行政区划隶属不变。
