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1870年，英国圣公会在横大方伯扩展地域，创办杭州大方伯医院。
1871年，英国圣公会派甘尔德（Galt）医师接替杭州大方伯医院工作。经过几年努力，每月约有200名门诊病人，20名住院病人。医院正式改名为杭州广济医院，取“广行济世”之意。
1881年，英国圣公会委派梅藤更（David Duncan Main）夫妇来杭负责广济医院工作。
1881年，广济医院招练实习生，时有3人应征（张成焦等），后为广济医校特届生。
1883年，以广济医院原址为基础，筹建新的广济总院并奠基。筹建费用由英国Willams Charles Jones基金等捐赠。同时，在院内创建了医校。
1884年，新的广济总院落成。
1885年， 广济医校建成并正式招收刘铭之、张葆庆等10名医科学生（第一届）。
1889年，广济医院开设男麻疯病院。
1892年， 广济医院女医院落成，妇女疗养院成立。
1897年，广济医院第一届毕业生刘铭之绘着成基础医学着作《中西置掻图说》。
1899年， 广济医院西湖肺痨病院成立。
1900年， 义和团事起，梅藤更例假回英国，英人奉命避沪，校、院由刘铭之维持。
1901年， 广济医院产科病房成立，经费由杭州高白叔、金月笙二女士捐赠。
1903年， 广济医院内礼拜堂落成。
1904年， 广济医院产科学堂成立，并招收第一届产科学生。
1905年，广济医校新校舍开工，次年落成。同年，协和讲堂落成。
1906年，梅藤更将广济医院与广济医校划分为两部，以大方伯屋舍为医校校址，并正式定名为广济学堂（内分医学堂、药学堂和产科学堂，三学堂后又分别改称医学专门学校、药学专门学校和产科专门学校）
1909年，着名教育家陶行知在广济学堂学习半年。
1911年，保俶塔西湖肺痨病院院舍退还地方。同年，医院开始装备发电机、自来水塔，装置电灯、自来水管，同时装备X光机等设备。资金由英国慈善家麦克梅及其他外国慈善家集资捐赠。同年十月十日，武昌起义爆发，医、药两科学生大都离校参加辛亥革命。
1914年，广济医院松木场分院成立。设有男、女肺痨病院；男、女麻疯病院以及男、女清气院等。
1918年，广济医学各科专门学校报请教育部立案，奉批照准，并奉嘉勉，在当时属全国领先。
1924年，飞檐翘角、三层12开间的医院病房大楼落成。同年，医校新校舍建成。梅藤更担任中国红十字会杭州分会名誉会长。
1924年夏天，广济医院莫干山临时医院开张，苏达立等医生上山主理其事。
1925年，广济医校停办。
1926年，梅藤更及夫人梅福孙在杭工作45年后于12月3日回国，11月30日，广济医、校同人开欢送会。
1926年，谭信（Hubert Gordon Thompson）接任梅腾更任广济医院院长。
1927年4月14日，广济医院由浙江省政府接收，改名为浙江省政务委员会直辖杭州广济医院。并由当时浙江省民政厅厅长马叙伦电邀洪式闾回国接办广济医院，
1928年7月，广济医院奉国民政府命令发还英国人，谭信院长辞职，由苏达立（Stephen Douglas Sturton）任院长。同年，广济医校停办。
1930年，苏达立争取到英国国际麻风救济会援助，在松木场分院新建砖木结构麻风病男、女病房两座。
1931年4月10至18日，中华全国基督教协进会第八届大会在广济医院举行；4月27日至5月2日，中华圣公会第七届会议在广济医院举行。
1934年6月29日，韩国临时政府国务委员兼秘书长金澈于广济医院病故。
1937年7月7日，抗日战争爆发。8月15日，中国第一个击落日本飞机的抗日英雄高志航负伤入住广济医院。11月，广济医院受浙江省政府主席朱家骅委托，接收抗战重伤员于广济医院分院，由田浩征任总干事，先后医治过上千名抗战伤员。 同年，广济医院被改名为杭州同仁会医院。
1941年，太平洋战争爆发。
1942年8月，广济医院被日军占领，改名为杭州同仁医院，由日本同仁会岗田富任院长。
1945年，抗日战争胜利，广济医院由英国人接收，仍由苏达立任院长。
1948年，由于麻风病人增多，苏达立等筹划于1949年在德清县武康上柏的鸿渐岭创办麻风病村。
1949年，医院设内、外、皮肤、妇产四大临床科室，病床117张。
1951年1月18日，中华圣公会广济医院董事会与浙江省医学院签订租约，从2月1日起，广济医院作为医学院的教学医院。同年，苏达立等外籍医生回国，由余文光担任院长。
1951年6月，浙江省抗美援朝医疗手术队编组完成，下辖三个中队，其中广济医院组织一个中队。
1952年3月14日，中华圣公会浙江教区代表致函浙江医学院，愿将广济医院全部财产约30余万元无条件捐献给医院，作教学医院之用。经华东军政委员会教育部批准后接收，定名为浙江医学院附属第二医院，为大外科专科医院，病床206张，由王历耕任院长。同年，西湖肺痨病医院停办，麻疯病医院由省卫生厅接管，改名为浙江麻疯病院，迁至武康上柏。广济医院结束了作为基督教会医院的功能。
1958年，医院调整为内外科综合性医院，有10个临床科室，病床450张。
1960年，医院定名为浙江医科大学附属第二医院 。
1971年，医院骨科成功进行了国内首例断肢移位再植手术。
1973年，医院3680平方米建筑面积的门诊大楼落成。
1977年，医院2270平方米建筑面积的科教楼落成。
1980年，医院11350平方米建筑面积的一号病房大楼落成，此时临床科室有17个，床位600张 。
1983年，医院2063平方米建筑面积的放射楼落成，并引进了浙江省第一台CT 机。
1984年，医院首批被授予浙江省级文明医院。
1986年，医院成立了国内首家急诊危重病监护室。
1989年，医院作为试点在全国首家通过三级甲等医院评审。
1991年，医院被评为全国卫生系统先进集体。
1992年，医院2800平方米建筑面积的急诊大楼落成。
1993年，在医大医疗二系的基础上，成立了第二临床医学院，引进了浙江省第一台核磁共振机。
1996年，医院首次在浙江省开通了急救绿色通道，形成院外院内紧密结合的急诊医疗体系。
1997年，医院14440平方米建筑面积的二号病房大楼落成，临床科室增至23个，床位850张。
1998年，医院被评为浙江省示范文明医院。医院急诊科成为国际紧急救援中心网络医院，医院病床增至1000余张 。
1999年，医院被评为全国“百佳医院”，并定名为浙江大学医学院附属第二医院。
2001年2月，浙江大学医学院外科研究所所长彭淑牖教授的刮吸手术解剖法与多功能手术解剖器获国家技术发明二等奖。
2002年，彭淑牖教授获得了何梁何利基金科学与技术进步奖。
2002年，彭淑牖教授捆绑式胰肠吻合术获国家科技进步奖二等奖。
2002年12月1日，医院门诊科教综合楼落成，建筑面积34885平方米。
2004年4月，浙医二院影像科余日声医师首次提出笑话系统结核特征性CT表现，被评为浙江省医药卫生科技创新一等奖。
2004年10月，浙医二院脑科中心和国际保健中心大楼启用，脑科中心大楼建筑面积30446平方米，国际保健中心建筑面积达20000平方米 。同年，10月10日，在美国新澳尔良的第90届美国外科年会开幕式上，美国外科学院授与中国大陆浙江大学医学院附属第二医院彭淑牖教授“美国外科学院荣誉院士”。同年11月11日，浙江大学医学PET中心（浙江大学分子影像PET中心）在浙医二院正式成立。中心有先进的PET仪器，医用回旋加速器，药物合成系统等。同年，医院发表的SCI收录论文数量位居全国医疗机构二十强之列。同年，医院高分通过三级甲等医院复评，被省卫生厅确定为三级特等医院创建单位。
2005年4月，美国有关方面赠送给PET中心动物PET一台。
2005年7月，浙江大学医学院附属二院与省侨联携手共建“浙江省侨联华侨华人定点体检中心”挂牌签约仪式在医院保健中心举行。
2005年7月，国际血液学最具有权威性的杂志《BLOOD》（《血液》）发表了浙江大学医学院附属二院徐荣臻博士为第一作者的文章――《酪氨酸蛋白磷酸酶Shp2高表达参与人白血病发病机制》。该论文旨在揭示白血病发病机制，是一篇具有独立知识产权的影响因子（IF）10.13的SCI论文（IF列当年浙江大学第一）。
2005年11月18日，浙医二院进行了急救直升机的试飞，为建设浙江省卫生强省填补了空中急救的空白。
2005年，肿瘤学专家郑树教授获何梁何利基金科学与技术奖。
2005年，浙江大学肿瘤研究所主持的课题《我国大肠癌高危人群防治的基础与临床应用研究》获得国家科技进步二等奖。
2006年6月15日，医院急诊中心大楼运行。
2006年9月，浙医二院实际开放床位1800张。
2007年3月浙医二院学术年会暨首届广济学术周成功举行
2007年4月，医院青年医生杨志明以第一作者在《自然医学》杂志上发表论文；医院第四届三次“双代会”胜利召开。
2007年5月，杭州市委、市政府决定将由医院参与管理兴建滨江医院。
2007年6月，“十一五”国家科技支撑计划项目《大肠癌筛查》在我院肿瘤研究所启动。
2007年9月，医院肿瘤学科被评为全国重点学科，眼科被评为全国重点扶持学科；第十二届全国眼科学术大会授予我院姚克教授中国眼科学最高奖——“金钥匙奖”。
2007年10月，继门诊综合楼、脑科中心楼和国际保健中心楼之后，我院急诊中心大楼工程获得“钱江杯”优质工程称号；医院PET中心张宏教授被评为浙江十大杰出青年。
2007年11月，医院顺利通过教育部医学本科教学工作评估，取得良好成绩；医院眼科姚克教授领衔的课题获国家科技进步二等奖；最新公布医院SCI论文数量居全国医疗机构第九名。
2007年12月，美国哈佛医学院国际创伤与灾难医学研究所和我院合作设立全美培训项目“高级灾难医学救援”中国培训中心；卫生部陈竺视察我院。
2008年1月，医院眼科主任姚克教授被评为全国医德标兵；医院开通全省可视远程会诊系统。
2008年5月，医院派出两批医疗队到四川地震灾区开展救灾工作并接收46名四川地震伤病员来医院治疗。
2008年8月，医院荣膺“全国医院管理年活动先进单位”；医院被中国教科文卫体工会授予“抗震救灾 重建家园 工人先锋号 ”荣誉称号。
2008年11月，医院张苏展院长荣获中国医院“优秀院长”称号
2008年12月，医院副院长徐少文同志获卫生部“抗震救灾医药卫生先进个人”称号；医院SCI论文收录数列全国医疗机构第5名；王建安、郑树教授分别获浙江省科技进步一等奖。
2009年1月，浙江省卫生厅杨敬厅长、浙江大学姒建敏副校长等领导到医院门诊、急诊慰问医务人员。
2009年2月，医院与杭州市第三人民医院结成协作医院；医院创建“平安医院”通过省级验收。
2009年4月，医院护理部荣获全国“工人先锋号”称号。
2009年5月，由医院发起的“百年名医院联谊会”成立；中国医院协会曹荣桂会长来医院视察；《中华急诊医学杂志》荣获中国科协2009年度精品科技期刊示范项目。
2009年7月，医院新一届领导班子成立，由王建安任院长，张苏展任党委书记。
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