段祺瑞，原名启瑞，字芝泉，晚号正道老人。安徽合肥人。1865年3月6日（清同治四年二月初九）生。父早死，1872年随祖父段佩在宿迁军营读书至1879年段佩死。
1881年投靠堂叔，到山东威海军营当一名小军官。1885年考入天津武备学堂炮科。1887年毕业分配到旅顺监修炮台。1888年被选送德国深造，并到克虏伯兵工厂实习。1890年回国任北洋军械局委员。次年赴威海随营武备学堂任教习。
1896年调任新建陆军炮队统带，并任随营学堂监督兼代理总教习。从此成为袁世凯的亲信和北洋建军的骨干。1899年随袁世凯移驻山东济南。1901年，因袁世凯推荐，段以三品知府衔兼任武卫右军各学堂的总办，负责训练北洋常备军。1902年升为二品候补道，赏戴花翎。1903年任北京练兵处军令司正使，负责军事计划、测绘、军需事宜。1904年6月陆军第三镇成立，段祺瑞任该镇翼长。1905年2月调任第四镇统制，9月转任第六镇统制。1906年1月复任第三镇统制，兼北洋武备学堂监督和军官学堂总办。3月，任北洋陆军速成学堂督办。1908年10月任会考陆军留学毕业生主试大臣。1909年10月复任第六镇统制。1910年底调任江苏江北提督，负责当地治安。1911年辛亥革命爆发，段祺瑞被召回北京任第二军军统。袁世凯控制清廷后，于11月18日令段祺瑞南下署理湖广总督并任第一军军统，兼领湖北前线各军。1912年1月26日，由段祺瑞领衔，联合40多名北洋将领，根据袁世凯的旨意致电清朝廷，要清帝逊位，改国体为共和。2月5日，段祺瑞又联合王占元、何丰林等8名将领再发通电，要求变更国体，否则就要率领全军将士入京，与王公剖陈利害。随即将司令部从湖北孝感迁到河北保定，作出进京逼宫的姿态。段祺瑞的电报配合了袁世凯紧逼清皇朝的策略，迫使清帝在1912年2月12日退位。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就任中华民国临时大总统。段被委任为陆军总长，积极参与袁世凯打击责任内阁与革命党人的活动。8月16日，段以陆军总长身份副署，使袁世凯、黎元洪杀害武昌首义元勋张振武的阴谋得以实现。
1913年3月10日，段祺瑞与德国捷成洋行签订2.04878283亿两借款合同，用于购买军火镇压革命。5至7月，代理国务总理，积极参与镇压孙中山发动的"二次革命".12月，段祺瑞奉袁世凯之命到武汉，逼迫黎元洪离开湖北赴京任副总统，使湖北地盘落入北洋派之手。
1914年2至3月间，赴河南指挥镇压白朗农民起义。由于段祺瑞长期在内阁中任陆军总长，拥有训练、调遣军队和提拔军官的权力，使北洋军中许多年轻军官视段为恩主。袁世凯为削弱段的力量，将陆军部的权力收归己有，乃在5月8日设立"陆海军大元帅统率办事处"为政府最高军事指挥机关，将陆军总长降为办事处的一个办事员。段对此极为不满，经常借故缺席会议，公务也交次长徐树铮去处理。袁世凯为了安抚段祺瑞，6月30日专门任命他为"建威上将军",兼管理将军府事务。但段与袁的矛盾并不因封官而有所缓和。
1915年5月，内阁讨论日方关于要袁世凯签订"二十一条"的最后通牒时，段祺瑞独持异议，主张动员军队，对日采取强硬态度。31日，段称病辞职，未准。当时袁世凯正准备恢复帝制，文武官员纷纷请愿、劝进，拥戴袁世凯当皇帝。对此，段表示反对，称病不出，进行消极抵制。8月29日，袁将其免职并软禁。
袁世凯称帝激起全国人民的强烈反对，1916年3月22日，袁被迫取消帝制。为了加紧对南方用兵，他只好启用段祺瑞。4月22日，袁世凯任命段祺瑞为国务卿兼陆军总长。5月8日，撤销政事堂恢复国务院和总理名称，段为国务总理。但袁对段并不放心，对段提出的国务院秘书长人选及裁撤总统府机要局、统率办事处、军政执法处三机关的建议，不但不采纳，反而暗嘱梁士诒以掣其肘。这更加深了段的怨恨，对当时军事政局的变化也不尽心去办。5月12日，段下令中国、交通两行停止兑付现金，促使人们对袁更加不满。袁在内外交困中于6月6日病死。
袁世凯一死，段祺瑞即以现任国务总理掌握国家实权。就在袁死后几小时，段发表他与徐世昌拟定的《袁大总统遗令》，宣告依据《中华民国约法》以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。命令一公布，当即遭到南方各党派的反对，他们认为《中华民国约法》是袁世凯私造的约法，不应执行；黎元洪应照民国元年的《中华民国临时约法》"继任"大总统，根本不是"代行"的问题。南北双方展开了新旧约法之争，拉开了护法运动的序幕。正当南北双方争执陷于僵持状态时，海军突然宣布独立，段祺瑞不能不有所戒惧，于6月29日接受南方条件，遵行《中华民国临时约法》。新旧约法之争告一段落。黎元洪继任大总统，旧国会继续开会，段祺瑞重新被任命为国务总理。紧接着颁布一系列法令，改各省督理军务的将军为督军，督办民政的巡按使改称省长。并宣布惩办帝制祸首，释放政治犯等。
不久，段祺瑞和总统黎元洪发生争执。最初主要表现在总统府和国务院的权限问题上。1916年8月下旬，总统府提出《府院办事手续草案》，规定总统得随时出席国务会议，总统对国务院议决的事及任免官吏可以退回再议。段祺瑞不能容忍黎元洪插足国务院，乃以辞职相威胁，最后府院双方议定了几条折衷办法：总统不出席国务会议，但国务会议议事日程先期呈阅，国务会议记录随时呈阅；总统对国务会议议决的案件，如有不同意见可让总理及有关领导说明情况，如说明后总统再不满意可交回复议一次。此后黎段矛盾有所缓和。双方的矛盾还表现在关于中国参加第一次世界大战问题上。1917年2月，美国政府因德国派潜艇封锁公海影响到它的对外投资，宣布对德绝交。4日照会中国政府，拉拢黎元洪，希望与美国步调一致，并表示愿借款给中国作参战军费，以摆脱日本的控制。当时段祺瑞也想对德宣战，企图利用参战勾结日本，借款练军，扩充实力。日本也表示支持中国对德宣战。后美国发现中国对德宣战将有助于日本扩张在华势力，乃又转而指使黎元洪抵制中国参战。黎元洪也怕段祺瑞在参战名义下壮大实力对己不利，于是接受美国要求，反对对德绝交宣战。黎元洪、段祺瑞各自的态度反映了美、日帝国主义的不同要求。3月3日，段祺瑞在日本支持下，操纵内阁通过对德绝交案。4日，段率内阁成员到总统府，要黎元洪在对德绝交咨文上盖印交国会通过，并电令驻协约国公使，向驻在国政府磋商对德绝交后的条件。黎元洪接受美国要求，拒绝签发。当晚，段祺瑞上书辞职，出走天津，以示反抗。后经冯国璋"调停",约定今后内阁确定的外交方针，总统不再反对。由于黎元洪让步，段祺瑞在3月6日复职。接着，段密电各省及驻外公使，说明黎元洪已同意内阁的对德外交方针。不久，众参两院分别通过对德绝交案。
对德绝交案公布后，段祺瑞积极准备对德宣战，以乘机扩充武力。对此，全国各方面人士纷纷通电反对。但段一意孤行，召集各省督军到北京开会，组织"督军团",说明参战的目的在于取得日本的借款与军械，以加强北洋派实力。段的外交方针获得督军们的支持。5月1日，国务会议通过对德宣战案。7日，对德宣战案提交国会。10日国会开会审议参战案。段祺瑞为迫使国会通过参战案，采取伪造民意的办法，用钱雇来北京城内的军人、警察、乞丐、扛夫和失业游民3000人，组成各种名目的"请愿团",在陆军部人员的指挥下，手执小旗，散发传单，包围国会达10小时之久，当场殴打议员，打伤20多人，胁迫议员立即通过宣战案。议员们十分气愤，宣布停止开会。段的目的没有达到，便决定解散国会，改制宪法。国会则呈请黎元洪免去段的国务总理职务。黎元洪利用人民反段的要求，在美国支持下，23日下令免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职。段以总统令无总理副署为由不予承认，并赴天津策动督军团解散国会。同时派代表去江苏徐州与张勋联系"合作"驱黎。
5月29日，安徽、河南通电宣告独立。随后浙江、山东、山西、福建、陕西等省纷纷响应，宣布独立。研究系议员对黎元洪罢免段祺瑞采抵制态度。31日，汤化龙辞去国会众议院议长。在北洋各省督军和研究系政客的抵制下，黎元洪于6月1日召张勋入京"共商国是".张勋则以解散国会为进京条件。12日，黎元洪下令解散国会。14日张勋到北京。7月1日，张勋拥清废帝溥仪复辟。2日，黎元洪躲进日本使馆，同时电请冯国璋代行大总统职务，任命段祺瑞为国务总理。
段祺瑞阴谋促使张勋解散国会、待推翻黎元洪的目的达到后，又摇身一变打起了反复辟的旗号。7月3日，段在天津马厂举兵讨伐张勋，自任"讨逆军"总司令。4日，段又联合曹锟通电宣布张勋八大罪状。5日，段祺瑞就任总理。12日，"讨逆军"分三路攻入北京。张勋复辟失败。段借反复辟捞到了"再造共和"的政治资本。
7月14日，段祺瑞入京，黎元洪通电去职。8月1日，冯国璋入京代理总统。4日，国务会议通过对德宣战案。14日发布《大总统布告》，正式宣布中国加入协约国，对德、奥宣战，并声明废除与德、奥两国所订的一切条约。对德宣战后，段为壮大自己实力，公开进行卖国活动。8月10日，成立了以亲日派陆宗舆为总裁的中日合办中华汇业银行，作为日本向中国投资的机关。自1917年8月至1918年9月，段先后以善后借款、银行借款、铁路借款、军械借款等名义，共借款16次，总额在3亿日元以上。其中8次借款，由日本首相寺内正毅的私人代表西原龟三同段祺瑞政府交通总长曹汝霖经手，合计1.45亿日元。这次借款史称"西原借款"."西原借款"所附的山东密约，即山东问题换文规定：日本军队除济南留一部分外，全部均调集于青岛；胶济铁路归中日两国合办经营。日本通过各种借款加强了对中国政治、军事、经济等方面的控制，还夺取了德国在山东的特权。
段祺瑞自恃有日本作靠山，在重新组阁后，把推翻《中华民国临时约法》和"武力统一"作为施政重点，甚至公开声明一不要约法，二不要国会，三不要旧总统。1918年3月1日成立了参战督办处，规定参战督办处隶属于大总统，综理国际参战事务。段的亲信靳云鹏任参战处参谋处长兼参谋长。不久又建立参战军，成为皖系军阀统治的一大支柱。
段祺瑞的卖国行径、不要《中华民国临时约法》、不恢复旧国会的倒行逆施，遭到全国人民的反对。1917年9月10日，孙中山在广州就任海陆军大元帅，组织军政府，领导反对段祺瑞的"护法运动".段为了消灭孙中山领导的武装力量，削平西南地区正在崛起的地方势力，发动了"武力统一"全国的战争。
1917年11月14日，湖南前线的直系将领王汝贤因没有得到湖南督军的位子而擅自行动，通电全国要求停战。随之，直、鄂、赣、苏四督军联名通电响应。段祺瑞武力统一计划受阻，于11月16日通电提出辞呈。对段的辞职，冯国璋在22日予以批准。12月18日，冯任命段为参战督军。1918年1月18日，冯国璋发布讨伐令，派兵进攻湖南。3月10日，南北战事重起。19日，曹锟等27人联名致电冯国璋和段祺瑞，请段出山。23日，冯国璋发表段祺瑞组阁令。26日，段召开国务会议，决定大举向湖南用兵。此时段对外继续实行卖国政策。5月16、19日，先后与日本签订了《中日陆军共同防敌军事协定》、《中日海军共同防敌军事协定》。根据这些"协定",日本"合法"地"迈出了使中国军队隶属化的第一步，并且为已在策划中的出兵西伯利亚确保了在中国境内调动军队的权利".①4月20日，段祺瑞离京南下汉口召集军事会议，目的是要消除主战派内部裂痕，制定对南方的作战方针。但段的"南巡"没有解决问题。8月间，吴佩孚接连发通电，对段祺瑞的"武力统一"进行了猛烈抨击。
1918年，大总统任期将满应当改选，为了排斥冯国璋，操纵新国会选举，段祺瑞指挥手下政客王揖唐筹人组织安福俱乐部（因会址在北京西单安福胡同而得名）。安福俱乐部以金钱贿赂收买政客操纵选举，获得新国会384个议席，占国会两院全部议席的81.36%,史称这届国会为"安福国会".
1918年8月12日，国会开幕。9月4日选举徐世昌为大总统。冯国璋与段祺瑞相约同时下野。10月9日段辞职，10日获准。段虽不当总理，但仍任参战督办，手中掌握着几个师的参战军。同时他还掌握着国会，内阁中又有他的亲信。实际上段对全国行政仍起控制作用。
1918年11月第一次世界大战结束，全国人民强烈要求和平统一。北京政府鉴于国内外形势，派代表于1919年2月到上海与南方代表进行和谈。由于段祺瑞的作梗，南北和谈没有取得任何进展。
世界大战结束，协约国在法国巴黎召开和会。中国作为战胜国参加会议。但在会上中国不仅没有得到战胜国应有的权益，反要将德国在山东的一切权益让给日本。中国在山东问题上交涉失败，激起全国人民特别是青年学生的强烈抗议，爆发了五四爱国运动。而段祺瑞却在5月14日徐世昌召开的特别会上鼓吹：中国应依赖日本，必须无隔阂地与日本保持协调一致的行动，中国应在和约上签字。24日，段又通电各省，主张放弃山东主权，无条件签署对德和约①。因全国人民反对，中国政府代表拒签和约。
1919年7月20日，徐世昌下令裁撤督办参战事务处，改设督办边防事务处，由段祺瑞来督办边防事务。8月5日，又改"参战军"为"边防军",令段祺瑞将督理参战军训练事宜改称为督理边防军训练事宜。这时，段控制①[日]信夫清三郎：《日本外交史》，第287页。转引自黄征等著《段祺瑞与皖系军阀》，河南人民出版社1990年版，第102页。
①章伯锋主编：《北洋军阀1912—1928》第3卷，武汉出版社1990年版，第1070—1071页。的边防军有3个师4个混成旅。徐世昌又命段的亲信徐树铮以西北筹边使兼西北边防军总司令督办外蒙古善后一切事宜。皖系获得控制西北各省区的权利，其声势凌驾于其他派系之上，成为直奉联合反皖的原因。
1919年秋冬之间，直系的直、苏、鄂、赣四省和奉系东北三省组成七省反皖联盟，用"清君侧"的策略，反段身边的徐树铮。1920年初，吴佩孚提出撤防北归。为阻止吴部北上，段祺瑞采取安插亲信，步步设防的措施，结果得罪豫督赵倜，使赵参加反皖联盟。
1920年4月9日，曹锟在保定召开八省反皖联盟会议，商定军队撤回原防地，解散安福国会。5月22日，吴佩孚率第三师自衡阳撤防北返，奉军也借口进关。7月4日，徐世昌下令解除徐树铮西北筹边使及西北边防军总司令职。5日，段祺瑞以边防督办名义命令边防军紧急动员。8日，段又召集军政会议决定起兵讨伐曹锟、吴佩孚。9日，段在北京团河组织定国军总司令部，自任总司令。14日，直皖战争爆发。战区分东西两路：西路是双方的主战场，在京汉路的涿州、琉璃河、高碑店一带；东路在京奉路杨村一带。战争历时5天，皖军全线溃败，徐树铮遁逃。19日，段引咎辞职。皖系势力从此衰落。段祺瑞全家移居天津。
直皖战争结束，直奉之间的矛盾很快尖锐起来。1921年下半年，段祺瑞利用张作霖对曹锟、吴佩孚的不满，和张作霖联手，商讨合力倒直计划。同时又派密使南下，和孙中山接洽合作讨伐直系。
1924年10月，第二次直奉战争爆发。23日，冯玉祥发动"北京政变".26日，冯玉祥、胡景翼、孙岳请段祺瑞出山。11月10日，冯玉祥到天津与段会晤，并推戴段为中华民国临时执政。
1924年11月22日，段祺瑞入京。24日就任中华民国临时执政。同日公布《中华民国临时政府制》，规定临时执政总揽军务政务，统率海陆军，取消总统府、国务院，使临时执政兼有两者的权力。
段祺瑞上台后，为取得帝国主义国家的支持，12月7日对日本记者表示，过去的条约均遵守不变。18日又通过临时政府阁议，声明以前所订条约"概当履行".①段祺瑞为使自己的统治合法化，决定召开善后会议，于1924年12月24日公布了《善后会议条例》，规定参加会议的人员必须是有"大勋劳于国家者";"讨伐贿选及制止内战各军最高首领";"各省区及蒙、藏、青海军民长官";"有特殊之资望、学术、经验，由临时执政聘请或派充者"①。这些人实际是一群官僚、政客、军阀、买办、遗老和御用学者，理应受到全国人民反对。但段祺瑞仍强行在1925年2月1日召开善后会议，通过《军事善后委员会条例》、《国民代表会议条例》、《财政善后委员会条例》。4月21日会议结束。
与此同时，段祺瑞为使海关二五加税与收回被比、意、西、法四国扣了两年多的1000多万元以解临时执政府各项军政费用之急需，竟通过"金佛郎案".结果使中国凭空多付给法国庚子赔款约8000多万元，多付给比利时、意大利等国7000多万元。1925年5月28日，段祺瑞写信给日本首相田中义一，附信寄去《秘密意见书》，乞求日本给予经济援助。10月16日，十三①《民国日报》1924年12月19日。
①费保彦：《善后会议史》，北京寰宇印刷局1925年版，第25—26页。国关税特别会议在北京召开。段祺瑞表示要谋求关税自主。会议通过了《议决中国关税自主的条文》。但由于帝国主义国家在关税问题上采取延宕态度，直至段祺瑞下台也未作出具体决定。
1926年1月12日，十二国法权会议在北京召开。段祺瑞意欲通过此会取消各国在华领事裁判权，后因帝国主义国家阻挠而没有达到目的。
1926年初，在日、英帝国主义策划下，张作霖与吴佩孚以"反赤"为号召，联合进攻冯玉祥的国民军。3月12日，奉系军舰4艘尾随日本驱逐舰冲进大沽口，与国民军发生冲突。日本联合《辛丑条约》缔约国，向段祺瑞提出最后通牒，威逼国民军撤退，并限于3月18日解决，否则就要动武。北京学生得到消息，80多所大中学校师生及60多个团体约5000人于18日在天安门广场举行"反对八国最后通牒国民大会",会后举行游行。当队伍到达临时执政府门前，遭到段祺瑞卫队枪杀，47人死亡，132人受伤，40人失踪。段祺瑞一手制造的三一八惨案，被鲁迅称为"民国以来最黑暗的一天".当直奉军阀势力逐渐逼近北京时，段祺瑞准备勾结张作霖驱赶国民军出北京。4月9日，段的阴谋败露，国民军将领鹿钟麟先发制人，率兵包围了临时执政府，段逃到东交民巷。国民军退出北京，段复职。这时他派人与张作霖联系，张对他不屑一顾，吴佩孚又派兵对其进行监视。这样段祺瑞只好结束"执政",4月20日宣布下野，回到天津过寓公生活。
段祺瑞到天津后，自称"正道居士",每天吃斋、礼佛。但他一直没有停止过争取重新上台的活动。1931年九一八事变发生后，日本帝国主义曾请段祺瑞出山成立傀儡政权，被他拒绝。1933年1月移居上海。1936年11月2日因病去世。
