少林寺在嵩山少室峰。嵩者，崇也，即有夏之崇山。
太和十九年（495年） 魏孝文帝迁都洛阳。 二十年（496年） “诏于少室山阴立少林寺而居跋陀”，“净供法衣，取给公府”。跋陀，又名佛陀扇多，东天竺人，精小乘禅法。跋陀有弟子僧稠、慧光。
梁慧皎高僧传：慧光年12于洛阳“天街井栏上反踢蹀（钅左有）一连五百，佛陀奇之，遂劝度为僧”。
僧稠慕跋陀名，入寺求法。“精勤梵行，克传圣业”；“一览佛经，涣然神讲”。跋陀称其“葱岭以东，习禅之最”。唐人张鷟《朝野佥载》：“北齐稠禅师，邺人也，幼落发为沙弥，时辈甚众。每休暇，常角力，腾越为戏，而禅师以弱见凌，给侮殴者相继。稠禅师羞之，乃入殿中，闭户抱金干个人誓曰：‘我以赢弱为等类轻侮，为辱以甚，不如死也，汝以力闻，当佑我，我捧汝足七日，不与我力，必死于此；无志还……。’金刚形见，手持大钵，满中盛筋，谓稠曰‘小次欲力乎？’，曰‘欲’，‘能食筋乎’？曰：‘不能’，……，乃怖以金刚杵，稠惧遂食。食毕，诸同列又戏欧，禅师曰：‘吾有力，恐不堪于汝’，同列试引其臂，筋骨强劲，殆非人也，方惊异……。因入殿中，横塌壁行，自西至东，凡数百步，又跃首至于梁数四，乃引重千钧。其拳捷骁武劲。先轻侮者，俯伏流汗，莫敢仰视。”然据道宣《续高僧传》，其“姓孙，元出昌黎，末居拒鹿之痪陶焉”;为“太学博士”，年二十八入空门，初在山东。于技击《传》只曰其“抱肩筑腰，气嘘顶上”。《传》之法通事却与《佥载》似。法通(562?—918?年)，俗姓关，京兆鄂人，年少出家，常为同伴所欺，遂发愿诵读观音经。一年以后，梦中食筋一驮，于是“身力雄勇……密举大木石不以为重”；曾力服同寺“膂力之最”的僧戡，挫西域相扑高手。
盖中古尚武之风仍盛，人习武为常事,僧亦然。
永平元年 508 中天竺僧勒拿摩提、北天竺僧菩提流支至少林寺，同慧光于译经堂译《十地经论》十二卷，三年乃成。
正光初（520年）僧稠任少林寺住持。
东魏天平元年 534 慧光随孝静帝迁邺都，任昭玄统。
天平初（534-536年），南天竺僧菩提达摩渡江，游于嵩洛。是时大乘禅宗初创，备受讥榜。达摩与弟子慧可、道育等随其所止，诲以禅教，游化为务,奉头陀行。跋陀、僧稠皆奉小乘，皇敕住持名刹。非惟不可能迎达摩于少林，适可为水火尔。达摩于嵩山延脉五乳峰洞中面壁。天平三年（536年），饮鸩毒坐化，立塔熊耳山空相寺。史无达摩演武之记载，二祖慧可乃至五祖弘忍六祖惠能等都未曾入少林寺，亦无武术记载。所谓《易筋经》，乃明天启四年（1624）天台紫凝道人假托之作。
是达摩与少林无关。中古武术非源于少林，亦非独盛于少林。
天平三年 536 慧光圆寂，有《四分律疏》、《玄宗论》、《大乘义律章》、《仁王七戒》、《僧制十八条》等行世。
北齐乾明元年 560 僧稠圆寂，有《止观法》行世。
北周建德二年 573 周武帝在太极殿召集群臣及僧、道，辩论三教先后。少林寺等行禅师出席。 承光元年（577年） 武帝灭佛，诏罢沙门年五十以下者为民，使充军役少林寺亦废。大象二年（580年） 周静帝下诏重兴佛道二教。少林寺复立，更名陟岵寺，置慧远、洪遵等一百二十人为菩萨僧。
隋开皇元年（580年） 恢复少林寺名。开皇七年 587 隋文帝召见慧远、洪遵。开皇中（581-600年）诏赐少林寺柏谷坞地一百顷。
大业十四年（618年） 天下大乱。少林寺被山贼所劫，僧徒拒之。塔院被焚，灵塔尚存。
唐武德四年（621年）秦王李世民与郑帝王世充战于嵩洛， 四月廿七日，少林寺上座善护、寺主僧志操等十三僧，联合伪轘州司马赵孝宰等翻轘州城，执王世充侄王仁则归唐。三日后李世民颁《告柏谷坞少林寺上座书》，“遣上柱国、德广郡开国公安远往彼，指宣所怀，可另一二首领立功者，来此相见，不复多悉”。敕授立功僧为上座僧善护、寺主僧志操、都维那僧惠玚、大将军僧昙宗、同立功僧普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、满、丰 。寺僧立石靳之。
《续高僧传》载:“明恭……住郑州会善寺……(会善)曾与超化寺争地，彼多召无赖者百余人来夺会善秋苗……乃取大石可三十人转者，恭独拈之如小土块，超化既见，一时惊走。又隋末贼起，周行抄掠，先告寺日:‘明当兵至，可办食具并大猪一头。’……恭乃铺饼数十，安猪襄之，从头咬拉，须臾并尽。贼众惊伏。恭召为护寺檀越，群贼然之。故会善一寺，隋唐交军，绝贼往来，恭之力也。……武德五年终于本寺，春秋八十五。”
盖唐时各寺多有庄园，集武僧守护庄园庙舍并护持佛法僧众。
武德五年（622年） 少林寺因居伪郑之地，被废省。 寺僧不服减省上诉。七年（624年）七月，敕少林寺依旧置立。 八年（625年） 二月，重赐少林寺柏谷坞地四十顷，水碾一具。
开元十六年 728 七月十五日，少林寺立裴漼撰《皇唐嵩岳少林寺碑》。
元和十年815 李师道密结寺僧圆净反唐，时圆净年八十，官兵“使巨力者奋棰不能折其胫”，圆净骂曰“鼠子，斩人足犹不能，敢称健儿乎？”事见旧唐书会昌五年 845 武宗下诏毁佛寺，勒僧尼还俗。
大中四年 850 行钧住持少林寺，传天台宗。 后唐同光三年 925 行钧圆寂，立塔于寺东。
后周显德中 954-959 少林寺被废。
元佑二年 1087 报恩开法于少林寺；主持广庆建释伽佛塔、弥勒佛塔。约于此时，少林寺“革律为禅”。
崇宁元年 1102 皇帝下制，天下每州择一寺更为禅寺。
宣和四年 1122 于初祖庵立“面壁之塔”，太师鲁国公蔡京书塔额，河南尹范致虚立石。宣和七年 1125初祖庵大殿建成。靖康元年1126塔成。宋史范致虚传，徽宗时河南尹范致虚以僧赵宗印充任宣抚司参议官，节度军马，抗金兵名“尊胜队”
后宋闽中福清北有一山名曰“嵩山”，寺曰少林。刘克庄《后村先生大全集》卷一五九一篇《诚少林·日九座》塔铭曰：“余有方外之友二人也。曰德诚者，福清人，姓郑；曰祖日者，闽县人，姓郑。诚得法于铁鞭韶师，尝住邑之嵩山少林(寺或院)。”祖日者，则有修仙游九座寺之事迹；铁鞭韶师。。。。泉州梁克家淳熙九年（1182）《三山志》卷36福清“寺观”类有“少林院”之名。
此寺盖有少林僧南迁，如孔氏仍奉其宗。或时南人去国，思慕少林，于此地命其山寺如中土。寺明志仍有记载。弘治十二年（1499）《八闽通志》卷75和正德十五年（1520）《福州府志》卷40，福清“寺观”条目中都有“少林寺”之名。此寺未必为天地会之南少林，然自此闽间人传闻闽有少林矣。
金初 住持祖端立《妙色那罗延金刚神像碑》。
兴定四年（1220年） 住持志隆创设少林“药局”。
蒙元称制元年（1242年） 曹洞宗师万松派遣大弟子福裕住持少林寺。颇受忽必烈之优渥 ，作资戒大会。 又为都僧省总统，从全真道收回佛寺237处。宪宗八年（1258年） 忽必烈在哈喇和林主持举行佛、道大辩论。福裕为首僧，道士败，受剃发之辱。 中统元年（1260年）荣膺“光宗正法大禅师”，任大都大万寿寺住持，计十四年。其间分建和林、燕蓟、长安、太原、洛阳五少林。至元十二年（1275年）圆寂，刊有《雪庭和尚语录》行世。皇庆元年（1312年） 赐谥晋国公。延佑五年庆公碑：“乙丑，嵩少有御寇之扰，雪庭以师（慧庆）供副寺，壬申寻升提点”
元代禁汉人武，禁民间私铸兵器
至治年间（公元１３１９年－１３２２年），凤林禅师住持少林，那罗延神被尊为少林寺护法神，“开创伽蓝堂”供奉，即今之紧那罗王殿。
至正十一年（1361年），颍州红巾军至少林寺，少林寺失守，僧众四散，提点松源训公避难秦水，宝应主持嵩岩俊公避难汶水。后有那罗延神持棍护法吓退红巾之说。
天顺时甘肃张掖喇嘛僧道源入寺，长住初祖庵。成化末匾囤入寺，从其学拳辊。匾囤法名悟虚字无空，曾救人于苗族山寨，苗人奉以为神。嘉靖四十二年（1563年）圆寂。
弘治十四年 1501 西天梵僧受古梅住持之请，任少林寺劝缘僧。
正德七年1512 霸州农民刘六刘七起义，少林僧兵三百余人从征，死七十余僧。
有明一代，少林以拳棍闻名，天下有事，武僧多奉命征伐。而棍之为械，轻可戒杀伤，重则毙恶人，合僧家慈悲之旨，故僧众善棍，当时称第一。于是有至正十一年（1361年），颍州红巾军至，那罗延僧持棍护法之说，以棍法为那罗延神授。《那罗延神护法示迹碑》叙其事：
。。。今其伽蓝神，据景躅集所载，乃大元至正十一年辛卯三月二十六日巳时，颍州红巾初起大乱，来至少林寺。有一圣贤，先在厨中作务，数年殷勤，负薪执爨，篷头跣足，单裈形赤，朝暮寡言，不动众念，无姓贯名，常修万行。至日红巾临寺，菩萨持一火棍，独镇高峰，红巾畏之而退，则时即没，后觅不见。乃知菩萨示迹，永为少林寺护法，坐伽蓝之地。僧人子用记。
碑立于正德十二年（公元１５１７年），少林住持文载禅师立其时实无那罗延神之护佑，天下大乱，少林寺亦遭兵火，僧仅存二十多人。那罗延神后讹为紧那罗神。
正德时武僧三奇周友率千余僧兵镇守山陕边关，被赐以提督总调言之职，后又云南苗乱,三奇者，立有奇功三件。嘉靖二十七年（1548年）为其立塔，《敕名天下对手教会武僧友公三奇和尚塔》。周友僧俗徒众千余名，遍山东两直隶河南。三奇周友师悟聪，法侄有洪转，徒孙广顺。
嘉靖元年（1522年） 十一月，山东清州矿丁王堂起事，少林武僧奉命征伐。
嘉靖间武僧抗倭 ，
《云间杂志》，嘉靖癸丑(1553年)，倭初至海上……按院蔡公可泉，召少林僧兵百余人，其首号月空，次号自然，傍贼结营。 顾炎武《日知录》：明嘉靖三十一年至三十三年(1552～1554年)，少林寺武僧月空接到都督万表的檄文，率领三十多名武艺高强的僧兵开赴松江(今上海市松江县)一带抵抗倭寇。僧兵自成一军，手持七尺铁棍，作战英勇，最后全部壮烈牺牲。
胡宗宪《筹海图编》卷6松江府：“同知任环召少林寺僧兵击倭寇，朱发靛面，倭人望而败走。”那罗延神，赤发，周身青色，手持金棒。僧兵作战，“朱发靛面”，口念咒语，模仿那罗延神形象。
嘉靖三十二年（1553年） 柘城盐徒师尚诏起义，“上司明文调用截杀，（竺方周参）领僧兵五十名，征师尚诏。歼贼兵”。十月，师尚诏伏诛。 周参师悟空嘉靖三十七年（1558年） 小山住持少林寺，计八年。
嘉靖四十年（1561年） 俞大猷“嘉靖辛已岁，自北云中奉命南征，取道至寺。僧负其技之精者，皆出见呈之，予告其住持小山上人曰：‘此寺以剑技名天下，乃传久而讹，真诀皆失矣。……’”“小山慨然曰：‘建院之责，愚僧任之，即平治其基以经始也。剑诀失传，示以真诀，是有望於名公。’予谓：‘是非旦夕可授而使悟也’。即择其僧之年少有勇者二人：一名宗擎，一名普从，随往南征。三载之间，谆谆示之，皆得其真诀，虽未造於得心应手之神，其十步一人，千里不留行，亦庶几矣。……”少林寺新建十方禅院碑此时少林拳辊不止播迁繁荣于南方，军旅、俗众皆传习少林术，少林成为天下武术之一大派别。众亦附焉。
隆庆间（1567-1572年） 程宗猷冲斗与云水、君信、涵初等入少林寺习武近十年，从学于洪转、洪纪、宗想、宗岱、广按等。时洪转已年逾八十，棍法神异，寺众推尊，洪转着有《梦绿堂枪法》一卷；洪纪乃转之昆弟，传棍，明末被流兵战死；广按乃转之徒，耳提面示，开示神奇；宗想、宗岱为宗猷之友。宗猷晚年万历四十四1616年着《少林棍法阐宗》，天启元年1621与其《蹶张心法》长枪法选单刀法选合刊《耕余剩技》行世。
万历二年（1574年） 常润主持少林寺。
万历九年1581六月礼科给事中王士性游少林，武僧各来以献技。
万历三十六年1608六月河南都御史金忠士在分守道廖如龙，司礼杨体仁，知县傅梅陪同下游少林，观僧演武万历三十七年（1609年）袁宏道赴陕主考，游嵩山及少林寺。时无言正道（17年）主持少林，陪同观武僧手博，作《山中逢老衲——少时从征有功者》诗云： “头发遮眉白，归来五乳峰。梦中闻虏笑，定起看经慵。戒铁支为枕，衲衣挂在松。闲时穿洞壁，欲去缚狞龙。”
万历三十八年1610河南右监都御史李思标游少林观武，作“佛自千古留影去，僧从百战立功来”
万历四十一年（1613年） 杭州人陈元赟入少林寺习武。国变后1683年东渡日本，东瀛“拳法之有传也，自投化人陈元赟而始”。
万历四十三年，文翔凤游少林，六十僧为之演武万历时礼部侍郎公鼎游少林作《少林观僧比武歌》
万历四十七年（1619年） 为都提举、征战有功万安广顺、授教师本乐宗武立塔。
天启三年 1622 二月，徐霞客游少林寺。
天启四年（公元1624年）天台紫凝道人托名达摩作《易筋经》，伪唐三原李靖序称达摩死后，后人在面壁处得一石函，其中有密贴二经《易筋》《洗髓》系天竺国文，后找人译之，演习，便成了少林寺僧们的角技内容等等。
天启五年（1625年） 河南巡抚程绍在少林寺观武，作《少林观武》诗。为打少林禅寺恩祖征战有功大才使公（普使）立塔明天启时玄机和尚任都提举，俗家弟子有陈松泉，陈传张鸣鹗，清康熙张孔昭据张鸣鹗所传写成《拳经》，乾隆时曹焕斗为之作注，更名《拳经·拳法备要》
洪亮吉《登封县志》明末“郜如城习拳棒于少林寺僧，尤娴大刀”
《明史·史记言传》载：史记言由长沙知县调为陕州知州，出私财召募军士，“聘少室僧训练之”。崇祯八年(1635年)十月，老回回马守应率数万人攻克陕州城，史记言投火自焚，“两僧掖之出，曰：‘死此，何以自明?’乃越女墙下，贼追获之……遂被杀”。
崇祯十一年（1638年） 登封农民李际遇起义。十四年（1641年） 冬，李自成军入豫，李际遇与之合军，攻克登封县城。
满清
顺治十三年 1656 海宽入京师，刊《五家宗派世谱定祖图》。次年领礼部劄子，为清代第一位住持。
康熙三年 1664 住持永玉离少林寺，北上涿州。
康熙四十三年 1704 圣祖御书“宝树芳莲”及“少林寺”匾额，赐少林寺。
雍正五年，雍正谕内阁：“闻向来常有演习拳棒之人，自号教师，召诱徒众，蛊惑愚民，甚至以行教为名，勾结盗匪，扰累地方。饬地方官，将拳棒一事严行禁止，如有仍前自号教师，及投师学习者，即行究拿。”
雍正十三年（1735年） 少林寺修整房舍，绘成图样由河南总督王士俊送呈皇帝亲自审阅。雍正朱批：“朕阅图内少林门头二十五房离寺较远，向来直隶省房头僧人类多不守清规，妄行生事，为释门败类，今少林寺既行修建成一丛林，即不应令此等房头散处寺外，难于稽查管束。” 。乾隆初年，由河东总督、河南巡抚王士俊主持重修少林寺，费银九千两。
乾隆五年（1740年） 河南巡抚雅尔图上奏“少林寺僧徒，向以教习拳棒为名。”
乾隆十二年（1747年） 施奕簪、焦如衡编定《少林寺志》四卷，五万余字，次年刊梓。
乾隆十五年（1750年） 九月三十日，高宗巡幸少林寺，题诗书匾，夜宿少林寺方丈室。
乾隆四十年 1775 河南巡抚徐绩主持重修少林寺千佛殿，次年竣工。
道光八年（1828年） 河南巡抚杨国禛等捐金3700余两，重修少林寺，是年竣工。 河南道员麟庆代巡抚杨海梁祭祀嵩山时，至少林寺观看武僧校拳。
咸丰四年（1854年）
王祖源即王懿荣的父亲随在陕西为官的兄长（历官陕西延长、南郑、蒲城、长安等县知县）居住时，认识了力士周斌，三人同游少林寺，在寺中住了3个月得少林《内功图》与《枪棒谱》而归，经删节后于光绪八年（1882）刊印，另定名为《内功图说》，其内容包括十二段锦总诀及图解、易筋经图解等。
同治元年（1862年） 捻军西征，三月至九月两次过登封县境。是年蝗灾。
中华民国
民国初年（1911-1920年） 世局动乱，土匪蜂起，少林寺购置火器成立保卫团，当家和尚恒林任团长。
民国五年（1916年） 王云华修葺紧那罗神殿。
民国十二年（1923年） 恒林圆寂，弟子妙兴继任。吴佩孚部收编少林寺保卫团为第一团，妙兴任团长。
民国十六年（1927年） 妙兴率团赴舞阳，与任应岐部交战阵亡，保卫团武僧四散。
民国十七年（1928年） 三月十五日，国民军石友三火烧少林寺。天王殿、大雄殿、客堂、钟鼓楼、藏经楼及所藏之大藏经、《少林寺志》木版、北朝石刻造像碑等皆毁。
民国二十年（1930年） 唐豪出版《少林武术考》。
民国二十五年（1936年） 日本武士宗道臣至少林寺学艺。回日本后，创立日本少林寺拳法联盟。
